Évaluation et gestion des potentialités microbiennes du sol pour l’amélioration de la tolérance du caroubier aux contraintes hydriques

Résumé

Le caroubier (Ceratonia siliqua L.), composante écologique, culturelle et industrielle du pourtour méditerranéen, est marqué par un déclin de son abondance ces dernières décennies. Trois facteurs aggravants ont été identifiés : une politique agricole en faveur d’autres espèces végétales, une forte urbanisation du littoral méditerranéen, fragmentant son habitat, et enfin des conditions climatiques défavorables, notamment un allongement des périodes de sécheresse. La dépendance du caroubier vis-à-vis des ressources en eau est un trait sous-estimé, et pourtant déterminant pour sa survie. L’optimisation de l’association symbiotique entre caroubier et champignons mycorhiziens a été proposée comme une stratégie prometteuse pour améliorer sa résistance au stress hydrique. Cependant, une vision plus holistique des interactions plante-microorganisme au sein de l’environnement semble incontournable pour relever durablement les défis de l’adaptation des plantes aux contraintes environnementales. L’hypothèse centrale de la thèse est que la gestion des interactions entre le caroubier et le microbiote de certaines plantes pionnières pourrait être la clé d’une meilleure adaptation du caroubier à la sécheresse. Les objectifs ont été, d’une part, d’évaluer la spécificité des microbiotes associés aux plantes vivant avec le caroubier et, d’autre part, de quantifier leur impact sur la croissance du caroubier et sa résistance au stress hydrique. Les résultats de l’étude ont montré une prédominance des actinobactéries, protéobactéries et ascomycètes dans les habitats étudiés, avec des divergences fonctionnelles notables entre le Nord et le Sud du Maroc. Des expérimentations menées en jardin contrôlé ont révélé que le type de microbiote détermine l’effet sur la croissance et la résistance du caroubier, avec cependant de fortes variations suivant le statut hydrique. En effet, le microbiote natif du caroubier est l’un des plus efficients en conditions hydriques non limitantes, mais confère peu de résistance à la sécheresse. Cependant, le microbiote associé au pistachier lentisque a permis d’atteindre le meilleur compromis croissance-résistance. Ce bénéfice semble s’expliquer par une plus forte abondance de champignons endophytes de type DSE (dark septate endophytes) et une augmentation de la colonisation mycorhizienne en réponse à un stress hydrique. L’intégration du pistachier lentisque dans les itinéraires techniques comme levier de gestion d’un microbiote bénéfique pourrait donc représenter une stratégie d’avenir pour l’adaptation du caroubier à une sécheresse croissante dans le bassin méditerranéen.