Pour une production contrôlée d’agarwood d’Aquilaria crassna Pierre ex Lecomte en Guyane : approches métagénomique, biochimique et histologique

Résumé

Aquilaria Lam. est un genre d’arbre tropical de la famille des Thymelaeaceae dont le bois sain est de couleur blanche. Lorsque l’arbre est blessé, en interactions avec des micro-organismes environnementaux, l’arbre produit un bois transformé par sa forte teneur en composés secondaires : l’agarwood. L’agarwood, de couleur brun-noir, est particulièrement apprécié pour son odeur boisée intense. L’huile essentielle obtenue par hydrodistillation d’agarwood est très prisée en parfumerie. Ainsi, le marché mondial des produits dérivés d’Aquilaria est estimé, en 2018, à 11 milliards de dollars US. Face à la demande croissante sur le marché mondial, des agriculteurs guyanais ont réalisé des plantations expérimentales d’Aquilaria en Guyane. Ainsi, l’objectif du projet Aquil@Guyane est d’aider ces planteurs à produire une huile essentielle de composition chimique contrôlée, respectueuse de la biologie de l’arbre et de l’environnement. Dans ce contexte, le sujet de thèse a été orienté en vue de promouvoir la production de connaissances académiques de nature à contribuer au développement de la production d’agarwood d’Aquilaria crassna en Guyane. Après caractérisation des communautés fongiques présentes dans les arbres d’Aquilaria crassna en Guyane, permettant de révéler l’importance des Basidiomycètes dans la production d’agarwood, deux méthodes d’induction d’agarwood ont été comparées : une méthode d’induction par blessure, avec ou sans ajout de terre ; une méthode d’induction par inoculation de souches guyanaises sélectionnées de Basidiomycètes. Cette dernière méthode, notamment par inoculation de champignons de pourriture fibreuse, comme Pycnoporus sanguineus, est la plus performante pour obtenir un agarwood de qualité proche d’un agarwood de référence provenant du Laos. La spectrométrie proche infrarouge (SPIR) a été utilisée pour différencier le bois blanc et l’agarwood et pour distinguer différentes compositions chimiques d’agarwood. Les résultats obtenus sont cohérents avec ceux de l’analyse biochimique après hydrodistillation : l’utilisation de la SPIR pour trier et contrôler la qualité de l’agarwood avant son hydrodistillation est envisageable. Enfin, une méthode de culture de cals d’Aquilaria a été mise au point afin de comprendre, en laboratoire, les mécanismes moléculaires qui aboutissent à la production d’agarwood. Les résultats indiquent une production de terpènes par les cals d’Aquilaria contaminés par des souches de champignons de pourriture fibreuse.