La combinaison d'une méthode originale permettant de maintenir l'expression de l'ARN in situ et d'une méthode efficace pour extraire l'ARN permet d'étudier l'expression de gènes dans n'importe quel tissu de banane

Résumé

Introduction. L'extraction de l'ARN est un préalable pour étudier l'expression des gènes dans la banane et pour comprendre les changements intervenant en réponse à l'environnement. Les méthodes standard d'extraction de l'ARN ne sont pas efficaces avec des plantes comme le bananier, qui présentent des niveaux élevés de composés phénoliques, d'hydrates de carbone, ou autres composés qui se lient à et/ou coprécipitent l'ARN. Matériel et méthodes. Cinq à sept méthodes d'extraction de l'ARN ont été comparées. Quatre méthodes de stockage de tissus de couronne ont été également comparées. La technique de cDNA-AFLP a été utilisée pour s'assurer que l'ARN extrait était de qualité suffisante pour des applications moléculaires et que l'expression de l'ARN était inchangée après un stockage in situ. Résultats et discussion. La méthode du borate chaud modifiée s'est avérée être la meilleure méthode d'extraction de l'ARN, permettant des rendements élevés de bonne qualité, et donnant de l'ARN non dégradé à partir des tissus de la couronne, de la peau des fruits et de la pulpe à toutes les étapes de la maturation. L'ARN obtenu par cette méthode a été de qualité suffisante pour les applications moléculaires telles que le cDNA-AFLP qui donne des résultats fortement reproductibles. La lyophilisation des tissus frais et la conservation de tissu dans la solution tampon de borate chaud, deux méthodes originales de stockage, semblent appropriées à la conservation de l'ARN in situ en absence d'ultra basse température. L'ARN obtenu a été de qualité, non dégradé, et utilisable pour toutes les applications. Le profil d'expression du génome obtenu par la technique de cDNAAFLP est resté inchangé par ces méthodes de stockage des tissus collectés. Conclusion. En appliquant toutes les procédures suggérées dans ce travail, il est possible de stocker et d'étudier l'expression de gènes dans n'importe quel tissu de banane, quel que soit le stade de maturité, sans affecter le niveau d'expression de l'ARN.