Recherche de familles d'ADN spécifiques à l'espèce Musa acuminata

Résumé

Les séquences répétées sont d'un grand intérêt pour les utilisateurs de marqueurs moléculaires parce que, en général, elles couvrent de grandes parties du génome des plantes supérieures. Le génome des plantes porte des éléments répétitifs en nombre variable et présente différents niveaux de similitude selon les familles de répétition et l'espèce végétale considérée. Nous proposons une méthode pour rechercher des éléments répétitifs spécifiques à une espèce pour le clonage suivi du développement de systèmes de marqueurs moléculaires, basée sur la réaction en chaîne de la polymérase. Matériel et méthodes. Des banques génomiques ont été construites et criblées par hybridations. La spécificité de l'espèce a été estimée en utilisant un index de spécificité (SI) basé sur la différence d'intensité des signaux d'hybridation. Résultats et discussion. Des banques génomiques de quatre sous-espèces différentes de #Musa acuminata#, de trois types différents de #M. balbisiana# et d'un #M. schizocarpa# ont été construites puis caractérisées, et des sondes spécifiques de ces espèces ont été recherchées. L'index de spécificité s'est avéré primordial pour distinguer les fragments d'ADN répétitifs des espèces, en fonction de leur spécificité. L'ensemble de l'ADN répétitif du génome de #Musa# a pu être évalué. Plusieurs des éléments répétitifs du génome A ont pu être identifiés et décrits. Dans la section d'Eumusa, des éléments d'ADN spécifiques à l'espèce #M. acuminata# ont été identifiés comme de courts éléments dispersés (SINEs) ou comme des séquences dispersées de type Copia. Le génome du bananier se compose de 77 % d'éléments répétés et de 23 % de séquences correspondant à de simples copies. Conclusion et perspectives. La stratégie présentée permet d'identifier les éléments répétés à plus de 1000 copies. Ils peuvent être utilisés pour étudier, par hybridation in situ, la composition genomique de cultivars de bananes polyploïdes complexes.