Banques enrichies en microsatellite : méthode pour isoler des marqueurs SSR dans les productions tropicales

Résumé

Introduction. Les productions tropicales, primordiales pour les pays en voie de développement, peuvent cependant être considérées comme le parent pauvre des marqueurs moléculaires. L'utilisation de microsatellites a de nombreux avantages par rapport à d'autres techniques moléculaires comme les analyses d'isozymes, de RFLP ou de RADP. Notre objectif a donc été de développer une méthode permettant de constituer des banques enrichies en microsatellites en utilisant, comme matériel de départ, du DNA de plantes tropicales. Une construction simple et rapide de banque enrichie en séquences microsatellites (GA)n du palmier à huile est décrite ici. Procédure de construction de banques enrichies en microsatellites. L'hybridation avec une sonde microsatellite biotinylée puis la capture des séquences ciblées grâce à des particules magnétiques recouvertes de streptavidine sont les deux principes de la technique utilisée. Les différentes étapes de la méthode sont discutées et un protocole optimisé est proposé. Caractérisation des banques enrichies. Les banques de plusieurs milliers de clones ont une proportion de clones positifs, contenant un microsatellite, supérieure à 70 %. Le taux de redondance des clones positifs dépend du mode de préparation de l'ADN, avec, respectivement, 20 % et 60 % pour des fragments obtenus par restriction par PstI ou par sonication. Conclusion. L'étude présentée donne une technique pour développer facilement des banques de marqueurs satellites spécifiques des productions tropicales en attendant que la communauté internationale entreprenne des projets moléculaires appliqués à l'amélioration génétique de ces cultures traditionnellement oubliées.